Em distros como o Slackware basta você colocar seu script ou chamá-lo através do /etc/rc.d/rc.local.
Porém o Ubuntu e Debian basta você criar seu script dentro da pasta /etc/init.d. Exemplo:
# touch /etc/init.d/meuscript
#echo "!/bin/bash" >> /etc/init.d/meuscript
#echo "echo Olá mundo " >> /etc/init.d/meuscript
Dar a permissão para execução:
# chmod 755 /etc/init.d/meuscript
Colocar para inicializar junto com o sistema:
# update-rc.d meuscript defaults
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